Insieme al Castello Angioino, la chiesa Matrice dedicata a San Nicola è il più importante monumento del comune di Mola di Bari, situato non lontano dal capoluogo pugliese; anche questa chiesa, come molte altre nel territorio, è situata non lontana dalla costa. Si tratta di un ben conservato esempio del tipico Rinascimento pugliese; tuttavia, dall'analisi di alcuni documenti conservati nei Registri Angioini, gli studiosi hanno ricavato notizie relative a una possibile origine più antica, precisamente in età appunto angioina. Sarebbe infatti attribuibile alla volontà di Carlo I d'Angiò la costruzione di una chiesa fuori le mura della appena ricostruita Mola. Il documento individuato è un Diploma firmato proprio da Carlo I e datato 22 settembre 1279. Notizie certe della fabbrica si hanno però a partire dalla metà del XVI, quando vengono chiamate maestranze dalmate per la ricostruzione dell'intero edificio, che versava in condizioni tali da renderla inagibile. Il lavoro fu affidato a Francesco da Sabenìco e a suo figlio, e Giovanni da Curzola i quali lavorarono all'edificio per circa sei anni; determinante per la conclusione dei lavori fu l'azione dell'Università che pagò le spese di ristrutturazione della chiesa. Lungo il corso dei secoli la chiesa subì altri interventi e restauri che interessarono sia l'esterno che l'apparato decorativo interno e, gli ultimi sono stati eseguiti tra il 2000 e il 2001.