L'ambiente, a pianta rettangolare, diviso in tre navatelle da due file di colonne. Il ciclo di affreschi inizia dalla parete a sinistra degli ingressi e prosegue lungo le absidi con le storie di S. Secondina e S. Magno. Queste ultime si interrompono nell'abside destra e sulla parete contigua, per riprendere la narrazione sulla parete a fronte delle absidi. La cripta è coperta da ventuno volticelle affrescate con soggetti cosmologici (volta I e II), del vecchio Testamento (volte V,VI,IX,X,XI,XII,XIII,XX,XXI), dell'Apocalisse di S. Giovanni (volte XVIII, XIX) e con rappresentazioni statiche di angeli e tetramorfi (volte III,IV,VIII,XVI)