Il ciclo pittorico narra, in ventinove lunette che si susseguono sui quattro lati del chiostro, la vita di San Francesco dalla nascita fino alle esequie. Le composizioni, la cui decorazione ha inizio sulla parete meridionale e procede in senso orario rispettando la sequenza degli episodi agiografici del Santo, sono connotate da un'impostazione semplice e austera, rispecchiando così, nel rigore formale e nelle notazioni pauperistiche, la vita e i dogmi francescani. Il programma iconografico, riflettendo il pensiero espresso dai movimenti degli Spirituali e degli Osservanti (corrente a cui appartenevano i Frati minori di Ognissanti), richiama le idee manifestate secoli prima dall'abate Gioacchino da Fiore e palesate nella sua celebre frase "Erunt duo viri" incisa sull'architrave del portale di accesso al chiostro. Tale frase, allusiva alla collaborazione dei due fondatori degli ordini mendicanti, chiarisce la presenza della figura di Domenico, che, in più di un'occasione, viene effigiato all'interno del ciclo insieme a Francesco. Gli affreschi, i cui singoli episodi sono scanditi da citazioni tratte dalle "Rime" di Andrea Grillo, hanno come probabile fonte letteraria un testo di Marco da Lisbona diffuso in Italia a partire dal 1582: le "Chronicas" (cfr. Conigliello 1989)