L'affresco rappresenta due momenti della vita del Santo. In primo piano è descritto Francesco in abiti cortesi all'interno della chiesa di San Damiano che, in ginocchio, con la mano sinistra sul petto e l'altra aperta, prega il Crocifisso collocato sopra la mensa d'altare. Sullo sfondo, a sinistra della lunetta, è rappresentato il momento in cui, il Santo, accompagnato dalla figura di un prete, lascia un'offerta all'interno di una nicchia, per il restauro dell'edificio. Nonostante lo stato conservativo di questa lunetta non sia dei migliori, si può apprezzare con quanta cura il Ligozzi descriva l'interno della chiesa: particolari accuratamente riprodotti come la mensa d'altare, le cui gambe finemente scolpite sorreggono un piano su cui poggiano un vaso di fiori e un candeliere, piuttosto che una tavola dal soggetto sacro ("dipinto nel dipinto"), creano un'atmosfera intima, adatta per il raccoglimento e la preghiera. Anche nel modo di concepire lo spazio vista prospettico il pittore riesce a dare prova della sua abilità riproponendo quelle scatole prospettiche tanto care agli artisti del Quattrocento