Con le figure di San Francesco e San Domenico dipinte ai lati del portale di accesso al convento, si conclude l'affrescatura della parete orientale del chiostro. Nicodemo Ferrucci rappresenta la coppia Francesco-Domenico come riprova del messaggio francescano nel piano della divina provvidenza intesa come rinnovemento del messaggio cristiano, in un periodo in cui Lutero accusava l'Ordine di contribuire alla corruzione della chiesa primitiva. La figura di San Francesco come "alter Christus", con la sua dottrina volta alla povertà, alla predicazione e all'ubbidienza, incarna il rinnovamento spirituale di uno dei principali temi caldeggiati dai Frati Osservanti in quel periodo. Le due figure di San Francesco e San Domenico impersonificano così, secondo la profezia di Gioacchino da Fiore, il tema della riforma religiosa attuata da questi due Ordini alter ego e l'inizio di una nuova era volta all'autoaffermazione della chiesa al tempo della lotta contro il protestantesimo