La palafitta di San Francesco è ubicata sulla sponda occidentale della penisola, al confine con il comune di Desenzano del Garda. Scoperta da Roberto Bisoli nel 1986, è stata oggetto di ricerche a cura della Soprintendenza per i Beni Archeologici della Lombardia nel 1995 (Metamauco). In quella occasione fu posizionata l’area della palafitta (estensione stimata 3000 mq); in una piccola porzione sono stati rilevati i pali e sono stati effettuati prelievi di 20 campioni lignei e 2 carotaggi. Nel 2006 sono state effettuate indagini dendrocronologiche e paleobotaniche (Dendrodata). I resti lignei indagati (20), tutti pali verticali, sono risultati in cerro (Quercus sp. sez. Cerris) (50%) e Corniolo (Cornus sp.) (50%). L’analisi dei pali ha permesso di individuare una fase di Bronzo Antico non documentata dai pochi materiali attribuibili alla palafitta. Ad essa sono riferibili infatti soltanto pochi frammenti ceramici (recuperi Bisoli, 1989), privi di elementi utili ai fini di un inquadramento cronologico puntuale, mentre tra i reperti bronzei, oltre ad un gambo di spillone, si segnala una lama di pugnale inquadrabile nella media età del Bronzo. I reperti sono conservati presso l’area archeologica di Sirmione