Un ciclo evangelico che narra le storie della vita di Gesù, è affrescato nelle volte della cripta, escluse quelle delle absidi; esso è illustrato in trentasei riquadri, dei quali venti sono ottagonali e gli altri invece hanno forma rotonda. Gli affreschi del lato meridionale hanno la direzione sud e gli altri del lato settentrionale la direzione Nord, congiunti da due affreschi centrali, posti ai lati dell'altare di S. Matteo: rivolto ad ovest quello vicino alla parete occidentale, ad est l'altro. Questa divisione si deve attribuire al Fontana, affinchè i visitatori, giungendo da uno dei due ingressi, potessero leggere subito e agevolmente gli affreschi, che si presentavano per primi allo sguardo. Solo il riquadro della volta che sovrasta l'altare di S. Matteo non è affrescato; ciò è dovuto dal fatto che a quel punto della volta si apriva una "cataracta", che consentiva di vedere dalla basilica la sottostante tomba dell'Evangelista. La "cataracta" fu abolita nel XVIII secolo quando Mons. Bonaventura Poerio (1697-1722) fece costruire l'altare barocco al centro del transetto della Basilica