La chiesa di San Pietro in Cryptis, a una sola navata, si conclude con un'abside semicircolare leggermente disassata e non esattamente collocata al centro della parete di fondo. Nella parte bassa, è addossato l'altare maggiore della chiesa, a cassa, con cornice modanata. Nel registro inferiore si trovano la Vergine in trono con il Bambino e quattro santi: Giovanni Battista, Pietro, Paolo e un santo non identificato. Nel registro superiore, corrispondente al catino absidale, si osserva la grande figura del Cristo benedicente, anch'esso seduto in trono, tra angeli. I due registri risultano divisi tra di loro e delineati da fasce geometriche policrome arricchite da motivi pseudo-cosmateschi. L’attuale configurazione dell’abside si deve alla sua riscoperta avvenuta nei primi anni Ottanta ad opera dei tecnici della Soprintendenza. Un altare barocco la copriva quasi interamente, lasciando visibile il solo catino absidale e nascondendone la decorazione ad affresco. La chiesa era rimasta sino a quel momento sprovvista della copertura e la navata era soggetta alle intemperie, che avevano indotto un avanzato degrado. In un primo intervento di restauro intrapreso dalla Soprintendenza (1995) si dotò l’edificio di una copertura lignea con capriate e tavolato a vista, preservando cosi l’interno da ulteriore deterioramento. A seguito del sisma del 2009 e forse anche a causa dell’ulteriore e più recente sisma del 2016, alle situazioni di degrado già presenti nell’edifico si sommavano nuovi dissesti, rendendo necessaria una nuova campagna di restauro, promossa dalla Soprintendenza, conclusa nel 2019