La scaffalatura è l'elemento prevalente dell'arredo molto omogeneo della farmacia. A tre sezioni, separate da lesene con capitello corinzio, è costituito, nella zona inferiore da ante, singole e appaiate; nella zona centrale da due serie di cassetti di dimensione differente e nella zona superiore da nicchie che si alternano alle ante centrali. Al centro della struttura vi è un pannello liscio che contiene un orologio. L'imponente cornice superiore è arrichita da timpano curvilineo interrotto con figure di putti alati con coda fitoforme che reggono teca con monogramma dell'Ospedale. L'arredo è completato da un bancone per la distribuzione dei medicinali, a specchiature regolari suddivise da lesene corinzie, e da una pennellatura lignea che riveste tutte le pareti fino a metri 150 d'altezza rilegando alla scaffalatura centrale la panca retta da piedi leonini posta sulla parete sud, con mortaio inserito; gli scranni con bracciali che arredano l'angolo nord-est, il piano d'appoggio per la bilancia e per la campana