Alla sinistra dell'Arcangelo Michele emerge dal fondo, che doveva essere dorato ma che in questo punto lascia intravedere la preparazione per la doratura ormai persa, un bellissimo San Sebastiano. Appoggiato al ceppo è raffigurato nudo, dalle sembianza apollinee, con lo sguardo rivolto verso l’alto mentre attende al suo martirio. Sebbene vi sia una scansione netta tra le tavole del polittico, la separazione è volutamente superata da un’unica linea dell’orizzonte che delinea uno spazio dal colore verde, su cui i soggetti iconografici poggiano i piedi, come fosse un prato sovrastato da un cielo dorato