Una serie continua di colonnini in marmo nero venato, disposti su cinque lati intorno al presbiterio dell'abside del transetto meridionale, è interrotta da tre cancelletti lignei e da sedici pilastrini lavorati a commesso con gli stemmi, più volte ripetuti, di Pisa, dell'Opera del Duomo, dell'Operaio Curzio Ceuli, dei Medici-Asburgo. Varia, pertanto, la gamma delle pietre policrome utilizzate: marmo bianco di Carrara, bardiglio, giallo di Siena, rosso antico, lapislazzuli scolpiti, nero d'Asciano, fior di pesco, alabastro, breccia. Il lato posteriore dei pilastrini è semplicemente decorato con un cerchio inscritto in un rettangolo, in sintonia con l'ornato geometrico della pavimentazione dell'edificio