L'altar maggiore poggia su due gradini. La mensa è a sarcofago, ratremata verso il basso, poggiante su una falsa base formata da un plinto e da una struttura trapezoidale. Il paliotto presenta delle delle inserzioni in frammenti di marmo policromo. Al centro, tra due palmette in stucco dorato è un foro, protetto da vetro, su cui è il monogramma mariano in metallo: all'interno non vi sono più reliquie. Alle spalle della mensa si elevano tre gradini, anch'essi con inserti di marmo policromo. Il primo gradino, lateralmente, è sorretto da un ampia voluta che inizia da uno zoccolo in tutto simile a quello su cui poggia la mensa. Il secondo gradino, sporgente rispetto al primo, è arrotondato alle estremità. Anche il terzo ha estremità arrotondate sorrette da una protome di cherubo