Fra le strutture dello Slargo di San Domenico, il cenobio del Santo Spirito ha sempre avuto un ruolo fondamentale essendo questo uno dei sette insediamenti benedettini esistenti in Matera e nel suo agro. L'occultamento del Fondaco di mezzo nel 1880, ha in parte alterato i caratteri architettonici e i legami ambientali della chiesa con il suo contesto, ad oggi leggibili solo in parte. Attualmente l'ingresso alla chiesa è sancito dall'ex zona del Fondaco, posta al di sotto del piano di calpestio di Piazza Vittorio Veneto, da cui si può accedere anche al Palombaro lungo, e dal rione Lombardo, che immette direttamente nel cuore del sasso barisano. La conformazione interna della chiesa è definita da tre navate longitudinali, divise da due file di tre pilastri ricavati mediante lo scavo della roccia: il cambiamento di destinazione d'uso della chiesa durante il Settecento ha comportato alcune alterazioni planimetriche di questi ambienti, tra cui l'obliterazione della calotta absidale della navata centrale e la chiusura della facciata prospiciente il Fondaco, ad oggi non più visibile. La navata sinistra è molto semplice, quella di destra più articolata, con campate quadrate di cui una con volta a crociera su grossi costoloni ricavati nella roccia. Ai lati di questa navata ci sono diverse nicchie, di cui una absidata preceduta da un elegante e finemente decorata arco a tutto sesto realizzato in conci di tufo. Tolto lo scialbo sono venute fuori pitture murali, alcune ben leggibili, fra cui una duecentesca Santa Sofia. La presenza di alcuni ulteriori ambienti ipogeii, oggi purtroppo non accessibili, testimoniano l'antico monastero che ha subito manomissioni e trasformazioni successive all'abbandono del cenobio