Lo spazio della cripta risulta oggi completamente trasformato e di difficile interpretazione: essa si trova al di sotto della chiesa di San Francesco d'Assisi. Nei lavori di consolidamento per la chiesa superiore, grossi setti murari e archi in blocchi di tufo hanno stravolto l'impianto originario della cripta. Lo spazio leggibile oggi presenta quattro ambienti di forma irregolare intercomunicanti. Ad essi vi si accede da una scala che comunica con la chiesa superiore mediante una botola: essa immette in un primo ambiente dal quale si accede ad altri due posti sulla sua destra e ad un terzo posto sulla sua sinistra. La cripta è a pianta composita ed irregolare. La struttura primaria della cripta è data dalle pareti e dal soffitto ricavati entrambi dallo scavo calcarenitico. I setti murari e gli archi in blocchi di tufo presenti nella cripta fanno parte della struttura di rinforzo per la chiesa superiore di S. Francesco d'Assisi. Di seguito si riporta l'elenco degli affreschi con la relativa datazione:- Madonna in trono con Bambino (XIV sec.)- Gabriele e Raffaele Arcangeli (XVII e XVIII sec.)- Scena sacra (XVII e XVIII sec.)- San Vincenzo diacono (XII sec.)- Coppia di Santi (XIII sec.)