La chiesa, ad unica aula e a pianta rettangolare, è totalmente scavata nel banco roccioso e ad oggi è la cripta più grande tra quelle ad una navata sinora rinvenute. Il vano d'ingresso, originariamente parabolico, oggi è rettangolare poichè ridotto da conci di tufo. L'interno è molto alto, circa 10 metri, e vi è una differenza di altezza tra l'avancorpo, che risulta più alto, e il presbiterio. Due eleganti arcate segnano il soffitto scavato nel banco roccioso, con un profilo a leggera botte, evidenziando i tre settori della chiesa: vestibolo, oratorio e presbiterio. Sula parete di sinistra del vestibolo si apre un ampio nicchione con arco a sesto acuto. le pareti dell'oratorio presentano armoniose cavità absidali, ove un tempo sorgevano gli altari minori. Il presbiterio è diviso dall'oratorio mediante un'arcata scolpita nella roccia che poggia su due pilastri dai capitelli con abaco rettangolare. Il pilastro di destra contiene una modellata edicola. Sulla sinistra, dopo una grande nicchia con tracce di affreschi, si nota un'ampia rientranza, un tempo collegata ai vani adiacenti, dal soffitto tanto alto da far pensare ad una "torre campanaria". La parete di fondo delimitata da due pilastri, identici agli altri è segnata dalla spessa arcata terminale affrescata nell'intradosso. L'abside centrale, con altare ancora incorporato, si trova a due metri dall'attuale piano di calpestio. L'attacco delle pareti al soffitto è marcato da una semplice modanatura. La chiesa, un tempo interamente affrescata, presenta continue tracce di decorazioni