Il chiostro era definito da quattro loggiati aventi notevoli analogie costruttive e artistiche con quello del S. Domenico di Cagliari, ma svolte con linee architettoniche più eleganti ed ardite. Le arcate poggiano su pilastri polistili dai capitelli ornati di fiorami intrecciati a figura mostruosa. I tre loggiati esposti a Levante, Ponente e Mezzogiorno sono costituiti da un'unica serie di moduli costruttivi, per cui le volte a crociera con nervature sagomate intersecantesi al centro diagonalmente poggiano da una parte sui pilastri o setti recingendo il cortile e dall'altra su mensole sporgenti da un muro continuo nel quale erano praticate le porte di accesso alle stanze del chiostro. Nel lato di Levante si ha un unico vano coperto da dodici volte a crociera gotica e con dimensioni variabili da loggiato alloggiato senza preoccupazioni di simmetria ed assi di riferimento