Organo "doppio", restaurato, con sostituzione delle tastiere, da Cesare e Quintino Rasori di Bologna nel 1844, ampliato dai Fratelli Pugina di Stanghella nel 1878, restaurato da Guglielmo Francesco Paccagnella di Albignasego (PD) nel 1989, collocato in cantoria in controfacciata, chiuso in cassaaddossata alla parete. Prospetto in unica campata, a cuspide centrale con ali laterali ascendenti, formato da 21 canne in stagno, labbro superiore amitria, appartenente al Principale 8' del G.O. (17) e al Tamburo (4), canna maggiore: Do1. Andamento delle bocche: rettilineo; profilo planimetrico:rettilineo. Alla base del prospetto sono posti i Tromboncini. Consolle a finestra. Trasmissione meccanica sospesa. Due tastiere, in sesta, di 50 tasti, estensione Do1-Fa5, diatonici ricoperti in ebano (con frontalini lisci, in legno dipinto di nero), cromatici in pero tinto di nero, con listellasuperiore in osso. Le attuali tastiere furono introdotte dai Fratelli Rasori nel 1844 in sostituzione delle originali callidiane, che erano di uguale estensione. La tastiera superiore corrisponde al G.O, l'inferiore al Secondo Organo. Pedaliera a leggio, in sesta, di 17+1 pedali, estensione Do1-Sol diesis 2, reali 12 note, costantemente unita al Grand'Organo, 18° pedale Tamburo (costituito da 3 canne in legno su somierino proprio, applicatoall'interno della parete destra della cassa, più 4 canne in stagno, cioè Do diesis, Mi bemolle, Fa diesis, Sol diesis, in facciata), cromatici ricoperti in ottone. La pedaliera fu ricostruita , perché l'originale era statasostituita con una concava parallela, da G.F. Paccagnella secondo i materiali e le forme callidiane del periodo, copiandola fedelmente da quella dell'Organo Callido di Guarda Veneta (anno 1783, op. 199). Quadri fonici (ricostruiti nel restauro Paccagnella; gli originali, in cattive condizioni, sono attualmente conservati all'interno dello strumento) alla destra dell'organista per il G.O. e il Pedale, alla sinistra per il Secondo Organo. Registri azionati da tiranti a pomello, in due file verticali in ciascun quadro fonico. Cartellini cartacei, manoscritti a penna, con cornice a stampa riprodotta dalle antiche etichette dei Pugina. Cartellini bianchi per i registri di Gaetano Callido (o ricostruiti secondo i materiali, forme e misure callidiani), verdi per quelli dei Fratelli Pugina. Alcuni pomelli, poi,sono di forma puginiana: questi corrispondono alle stecche (o ai somieri, per il Bombardone) aggiunti dai celebri organari stanghellesi: la visione dei quadri fonici, permette, così, una lettura stratigrafica dello strumento.