Il dipinto raffigura il Santo inginocchiato, presso una sorta di inginocchiatoio in legno munito di crocifisso; egli allarga le braccia ad ha il volto levato in alto a guardare un crocifisso infuocato dal quale partono raggi che imprimono le stimmate sul corpo di san Francesco. Sullo sfondo, dalle tonalità scure, si distinguono appena le sagome di alcuni alberi e di un secondo frate in atteggiamento assorto, estraneo all'evento cha si va compiendo a poco distanza da lui