Al centro della composizione, in un paesaggio naturale brullo, San Francesco in piedi, con le braccia aperte, il volto reclinato verso destra e gli occhi chiusi, riceve le stigmate dal serafino collocato in alto a destra della composizione. Sulla sinistra, in secondo piano, frate Leone è seduto dando le spalle all'osservatore, intento nella lettura. Il Cristo serafino promana una pallida luce diafana che pervade l'intera scena conferendo un senso di astrazione spazio-temporale