Le sei scene delle Storie del S. Pellegrino, il cui nome compare in lettere gotiche su una fascetta orizzontale posta all'inizio delle scene, sono dipinte al di sopra della cornice di scarico della seconda campata. Nel primo riquadro della sequenza viene rappresentata una figura nimbata in piedi, con un libro nella mano sinistra, nell'atto di benedire un uomo dotato di cufietta e di berretto che gli si inginocchia davanti. Nel secondo riquadro, un personaggio barbato e coronato, sta impartendo con la mano destra un ordine che sembra riferirsi a quanto sta accadendo accanto a lui: due aguzzini prendono per i capelli e fustigano una figura nimbata. Nel terzo riquadro, il santo si rivolge alle tre figure che ha in fronte a sè, due donne e un uomo, e porta la mano su un libro, come se stesse predicando. Nel quarto riquadro, la figura nimbata regge un cartiglio e ha di nuovo davanti a sè due donne e un uomo. Nel quinto riquadro, un soldato afferra la donna per i capelli e le brandisce la spada sulla testa. Nell'ultima scena, la figura nimbata è inginocchiata con le mani legate, mentre due carnefici la colpiscono con le lance e un personaggio non coronato sembra ordinare il martirio