Le storie della Passione continuano sulla parete destra della prima campata. In questo registro, sono rappresentati tre episodi: a sinistra la Flagellazione di Gesù da parte di due uomini, uno dei quali porta un vestito a righe alternate; è importante notare come nessuno dei due sia connotato come soldato. Al centro Gesù nell'atto di essere deposto dalla croce da Giuseppe di Arimatea, mentre la Maddalena lo sorregge alle spalle, Maria e S. Giovanni Evangelista gli tengono ciascuno una mano. A destra la Deposizione di Gesù nel sepolcro, con la Maddalena, Maria e S. Giovanni rappresentati quasi con i medesimi gesti della scena precedente, e un angelo che sembra in piedi sulla tomba, ma che in realtà è seduto su un invisibile appoggio, come se si fosse usato il modello di una figura seduta e poi lo si fosse adeguato alla composizione