Al centro del dipinto Cristo Crocifisso sotto un baldacchino sorretto da due angeli in volo. Ai piedi del Cristo, a sinistra, san Tommaso d'Aquino in piedi e in atteggiamento estatico. In basso a destra, un giovinetto seduto con un libro aperto in mano; alle sue spalle, dietro una colonna, una frate incapucciato. In basso, al centro prospettico, un teschio e, a sinistra, posti su un tappeto rosso si vedono un calamaio, una penna, una clessidra e alcuni volumi, di cui il primo reca la data e la firma dell'opera