San Francesco, a tre quarti di figura, si staglia sul fondo scuro della tela. Il volto ispirato e sofferente, con la fronte aggrottata e gli occhi in lacrime, è rivolto a destra. Lo sguardo dolente è catturato da un'immagine fuori campo, verosimilmente il crocifisso. Il Santo poggia il gomito sinistro su di un piano appena suggerito, dove trovano posto anche il libro, la corona del rosario e il teschio, i simboli che insieme alle stigmate rappresentano i suoi più consueti attributi