Al centro della parte superiore del Gonfalone è uno stemma, lo scudo dei Savoia, ricamato in seta rossa. A sinistra è lo stemma di Alberto V e a destra quello di Nicolò III, entrambi Estensi. La parte inferiore del gonfalone mostra due medaglioni figurati che simboleggiano le due classi in cui l'Università si divideva: legisti e artisti. L'emblema dei legisti rappresenta la Giustizia che ripara gli orfani sotto il manto, l'emblema degli artisti invece raffigura S.Luca Evangelista, dinanzi al quale è il bue alato. Tra i due emblemi scende l'arma di Bonifacio IX e da essa, legata da un nastro d'oro, pende un ricco medaglione in cui si incrociano l'arma dell'Università e della città di Ferrara. In basso altri due stemmi: a sinistra quello di alfonso II d'Este, a destra lo scudo di Clemente XIV. Sul nastro superiore è un antico sigillo dell'Università recante la Fenice che risorge dal rogo, con la legenda "citterae resegunt". Lo sfondo è in velluto bordeaux e le bande in tessuto verde