Le storie si organizzano in due registri sovrapposti, siglati da una cornice a polittico, e continuano anche nelle due paretine laterali della cappella. Da sinistra verso il basso sono raffigurati nella parete sinistra l'angelo che appare a Zaccaria, la nascita del Battista, la circoncisione (che avviene all'interno di una chiesa dall'architettura classica). S. Giovannino nel deserto, la predicazione (parete destra). Nel registro inferiore: la cattura, la prigionia, l'impartizione del battesimo a Cristo, la decollazione e infine sulla parete destra, la consegna della testa ad Erode durante il banchetto che avviene in un ambiente arredato e animato con gusto cinquecentesco. Sopra l'architrave che sigla le storie del Battista è raffigurato inoltre un grande sole raggiato con il monogramma di Cristo, sorretto da due angeli. Al di sotto è visibile una doppia lettera: A B, intervallata da una croce