La cassa dell'organo richiama nel complesso l'ancona dell'altare maggiore: mensole costituite da tre teste di cherubini, sovrastate da colonne scannellate e rudentate, sulle quali insiste una trabeazione elaborata, con fregi di gusto rinascimentale. Al centro del timpano la colomba dello Spirito Santo, entro raggiera. La parte dell'organo è divisa in cinque parti, segnate da trabeazione e ornati a vari livelli, le quattro laterali sono concluse in alto da conchiglie