L’impianto originario era costituito da una basilica a croce commissa, a tre navate, su cui si affacciavano il coro e due cappelle per lato. Il metodo costruttivo è quello tipico dell’architettura cistercense, in cantoni di trachite scura tagliati perfettamente in cava appositamente per l’uso che ne doveva essere fatto in cantiere e listati con strati sottilissimi di malta. La nuova chiesa ricavata così dai resti dell’antica basilica è coperta da una volta a botte. Il bel rosone a quattro petali e gemma centrale destinato ad illuminare l'altare si trova oggi spostato su una parete laterale rispetto all’altare principale, a cui da luce una ben più modesta monofora. I pavimenti sono in lastre di basalto e trachite. Tre grandi contrafforti sono stati realizzati in epoca recente per assorbire le spinte della muratura del transetto, trovata sprovvista della spinta data dalla navata dell'aula basilicale