La struttura portante della chiesa di S. Francesco è costituita da paraste che delimitano la nave ed il transetto, sulle quali si impostano le volte reali. Contraffortano la muratura della navata unica una serie di quattro ambienti chiamati "Oratori" che a sua volta fiancheggiano gli ex ingressi laterali della chiesa, e da due torri in facciata. L'incrocio tra la navata è il transetto è racchiuso da quattro pilastri posti ai vertici di un quadrato, sui quali si impostano quattro archi a tutto sesto che sopportano i carichi del tamburo ottagonale sormontato dalla cupola. Il sistema di trasmissione dei carichi degli orizzontamenti alle murature di piedritto è spingente