La cripta di San Filippo è una struttura di carattere gotico, adornata con diverse pitture. In essa si trovava un altare dedicato a Santa Maria Maddalena penitente, dalle cui rendite si manteneva un ospedale di infermi. Oggi all’interno della cripta vi è un altare con un presepe, un altare dedicato all’Assunta, una tomba, adorna di pietre lavorate, dedicate alla famiglia de Georgiis, un altro altare con l’effige della Vergine della Cona, la cui festività viene celebrata il 2 luglio. In esso si trovano anche delle sepolture dei sacerdoti ed in memoria di ciò fu realizzata un’iscrizione sepolcrale, composta ma mai incisa. Le volte e le pareti della cripta di S. Maria Maggiore sono decorate con affreschi cinquecenteschi. L’attributo volgare della vergine che qui vi si venera, detta “Madonna della cona”, deriva certamente da un’icona della madonna con il bambino, risalente al 1300 e ritenuta opera della scuola di Giotto. Il Nigro ce ne parla nella sua “Memoria topografica” in cui riporta: “vi era ancora a mio tempo un altro altare dove stava collocata la effigie della vergine sotto il titolo della cona, la di cui festività vien celebrata a 2 luglio, giorno dedicato ne’ fasti ecclesiastici alla visitazione di Maria Santissima. Oggi il luogo di una tal cappella è stato convertito in sepoltura dei sacerdoti…”. La cripta risulta affrescata in tutte le sue parti e componenti architettoniche