Lo schema architettonico della chiesa è di chiara ispirazione bizantina, funzionale al rito greco che vi si svolgeva, e prevede il susseguirsi del naos, l’ambiente che accoglieva i fedeli, del templon a tre fornici, una sorta di muro divisorio tra i due ambienti, e del presbiterio (il bema, luogo in cui si officiava il rito) costituito da tre cellette absidate. Nel corso del tempo l’ipogeo cambia la sua destinazione d’uso: perde la funzione liturgica per diventare sia stalla che magazzino per poi essere definitivamente abbandonato durante l’Età Moderna. L’abbandono e la dimenticanza sono indubbiamente causa della parziale distruzione della chiesa (la volta è semicrollata) e del livello conservativo dell’apparato pittorico che non è in condizioni ottimali