Lo schema architettonico della chiesa conventuale è ad unica navata divisa da un pilastro in due campate quadrangolari eguali. Sui due quadrati di base si elevano le rispettive cupole semisferiche raccordate con pennacchi sferici, coperte esternamente con due tetti piramidali con copertura a chiancarelle. Sul pinnacolo cilindrico posto sul tetto della cupola Est, è raffigurato in bassorilievo l’Arcangelo Michele, con plastica piatta e lineare simile ai modelli bizantini. Molteplici trasformazioni avvenute durante i secoli hanno modificato l’impianto originario della chiesa quali l'aggiunta della cappella Sud e il prolungamento della navata con la conseguente demolizione dell’abside semicircolare