Impostata su pianta rettangolare, due colonne suddividono l'ambiente in tre piccole navate concluse da absidi a pianta semicircolare. Le colonne presentano il fusto monolitico in granito con capitelli di spoglio e sovrastate da pulvino; su di esse si impostano le volte a crociera. Si accede alla cripta dalla navata laterale della Basilica Superiore mediante una scala ad una rampa. Tre monofore, situate nell'abside centrale, laterale destra e sul fianco, assicurano l'illuminazione interna. Strutture verticali in muratura mista rifinita ad intonaco liscio; copertura con volte a crociera ribassate