Sviluppata su impianto marcatamente longitudinale, la chiesa è divisa in due zone da un muro maestro: nella prima hanno accesso solo le monache di clausura ed è pertanto non visitabile; la seconda parte, aperta al pubblico, è costituita da un lungo vano ad aula coperto da una volta a botte con lacunari dipinti. Lungo le pareti, percorse da paraste con capitello composito, si aprono nicchie a fondo piatto con gli altari minori; ancora nelle pareti laterali vi sono nicchie con le statue dei Santi Francesco di Sales e Giovanna Francesca di Chantal. Nell’abside a fondo piatto la decorazione (analoga a quella dell’aula) finge un semi-catino, ove si inserisce l’arredo dell’altare. La facciata, compressa tra corpo del monastero e i rustici di Palazzo Borromeo, è risolta con un ordine gigante di paraste con capitelli compositi e timpano mistilineo; nel campo centrale vi è il portale rettangolare, un affresco raffigurante la Visitazione della Vergine a Sant’Anna, chiuso dentro una cartella e una finestra semicircolare