Il restauro del 1964 fu affidato invece al restauratore Ottorino Nonfarmale che lavorò sotto la guida dello storico dell'arte Cesare Gnudi. Ottorino Nonfarmale nacque nel 1931 a Mantova, città in cui studiò con il maestro restauratore Arturo Raffaldini presso l’Accademia di Belle Arti. Scomparso nel 2020, il restauratore viene ricordato oggi come uno dei più influenti nel campo, avendo fatto parte di quella generazione di restauratori che, accolte le lezioni di Cesare Brandi r della Carta del restauro del 1974, apportarono alla scienza del restauro un contributo di notevole portata innovativa nella direzione della sempre più definita nozione di tutela e conservazione dei beni culturali. Tra i suoi innumerevoli lavori, oltre a Schifanoia, si ricordano i restauri dei capolavori della Pinacoteca di Bologna, il restauro dei cicli pittorici di Pomposa, di Palazzo Te a Mantova, le porte del Battistero di Parma, le statue della facciata di San Petronio a Bologna; lavorò intensamente anche per la Sovrintendenza veneziana e, fuori dai confini italiani, in Francia, restaurando portali della Cattedrale di Chartres, della Basilica di Saint-Denis e dell’Abbazia di Moissac. 

Il rapporto che lega Ottorino Nonfarmale e Cesare Gnudi, che lo affianca nel restauro Schifanoia, nasce ai tempi in cui Gnudi era ispettore della Soprintendenza di Bologna, carica che ricoprì dal 1939 al 1974, quando andrà in pensione da primo responsabile.