La Flagellazione di Cristo è ambientata all'interno di una architettura di cui si scorgono il pavimento a intarsi marmorei e la colonna a cui è legato Gesù. Attorno a lui i carnefici, di cui quello a destra col braccio n alto prima di scagliare la frusta. La tavola presenta riferimenti alle stampe del ciclo della Piccola Passione (1512) realizzato da Durer. Callisto Piazza, rispetto al precedente intervento nella cappella con le Storie di san Giovanni Battista, riesce a infondere all'opera uno stile drammatico accentuato dall'affollamento delle figure in primo piano. Il nuovo linguaggio del pittore mette in luce la sua adesione alla "maniera" nelle muscolature insisitite, nei bagliori improvvisi di luce che rendono la consistenza delle stoffe, nel chiaroscuro accentuato che rende in modo preciso e puntuale l'anatomia di Cristo.