Gli episodi della vita di santa Margherita d'Antiochia si sviluppano sulla parete meridionale e sulla controfacciata della chiesa. Essi erano costituiti - prima del 1974 - quando fu effettuato lo stacco abusivo dei primi due riquadri con la Conversione di santa Margherita e con Il governatore Olibrio che si invaghisce di santa Margherita, - da quindici scene entro riquadri, tredici dei quali disposti su due registri della parete laterale e i rimanenti sulla controfacciata. Attualmente restano tredici scene che, secondo un ordine di lettura che procede da sinistra a destra, raffigurano: l'Incontro di Olibrio e S. Margherita, Olibrio convoca S Margherita, Olibrio chiede a S. Margherita un gesto pubblico di conversione al paganesimo, la prima Tortura di S. Margherita e S: Margherita messa in prigione. Quindi, nel registro inferiore troviamo: S: Margherita sottomette con la croce il demonio comparso nelle sembianze di un drago, S. Margherita condotta davanti ad Olibrio, la Tortura con le torce accese, la Tortura dell'immersione nella tinozza di acqua gelida, la Decapitazione dei pagani convertiti e S. Margherita in attesa di essere decapitata. Sulla controfacciata si scorgono alcuni lacerti dei due ultimi episodi con S. Margherita in carcere e con la Decapitazione della santa.