La parete centrale della cappella presenta, in modo assai articolato, l'episodio della flagellazione di Cristo, a cui assistono i santi Lorenzo e Caterina. Quest'ultima introduce nella scena anche la figura del committente Francesco Besozzi, sobriamente abbigliato, inginocchiato e visto di profilo. Al centro Cristo, con le gambe incorciate e il braccio destro ancora legato alla colonna, è rappresentato sofferente, con il corpo segnato dalle ferite infertegli dalla verga, ancora visibile in terra; alle sue spalle gli aguzzini continuano la tortura, mentre altri due soldati assistono in disparte alla scena. La medesima parete si articola in alto in due ulteriori settori, ottenuti negli spazi ricavati dalla colonna che divide l'ambiente principale: a sinistra si tratta dell'episodio di san Giovanni Evangelista che incontra la Vergine e la Maddalena, per riferire loro dell'avvenuta flagellazione, mentre a destra la Negazione di Pietro. Il primo dei due episodi è assente dai Vangeli e fa riferimento alle visioni (anche dette rivelazioni) della mistica Arcangela Panigarola (raccolte in un testo pubblicato a stampa nel corso del XVII secolo), assai conosciuta nella Milano di primo Cinquecento.