L'organo a canne è collocato entro un vano e sporge dalla balconata con gelosie del "coretto" prospicente il braccio destro del transetto. L'accesso per "le stanze dei coretti" è consentito dal cortile porticato dell'"Area Scholarum" del collegio. Lo strumento è racchiuso entro una cassa in legno, probabilmente di abete, dotata di sportelli intagliati e verniciati a protezione delle canne. Nella facciata sono visibili le canne. I tasti sono in legno così come i rialzi. I comandi di registro sono posti ai lati della tastiera e sono comandati da pomelli forse in ceramica. La pedaliera si presenta in cattivissimo stato