Le pareti dell'atrio recano a fresco storie di ispirazione francescana. Su quella di sinistrasi vede il Trionfo della fede; su quella di fondo il Martirio dei francescani in Giappone, Il perdono di assisi, S. Francesco decapita il vescovo adultero, un miracolo di Sant' Antonio. La scena sulla parete destra è perduta, si vedono solo alcuni personaggi sulla destra. Le superfici sono impaginate da colonne. nei pennacchi degli archi sono dipinti l'Angelo. a sin., e la vergine annunciata,a d. al centro stemma francescano retto da due angeli. Due scritte a sinistra del portale