La scena è divisa in due parti; in alto il Paradiso, in basso il Purgatorio. San Francesco, in alto, su una nuvola, è in piedi e distribuisce cordoni alle anime del Purgatorio; ai lati del Santo sei puttini (tre a destra e tre a sinistra) che offrono cordoni al Santo e li lasciano cadere alle anime del Purgatorio. Sulla sfondo c'è un cielo luminoso e dorato. In basso, una grande muraglia con un ponte a due luci delimita un mare o una palude nella quale sono immerse le anime che hanno l'aspetto di giovani, vecchi, fanciulle, donne, anziane e fanciulli. Il muro che ospita l'affresco è la tampagnatura dell'antica porta di comunicazione tra al convento e la chiesa; esso è incassato in un profondo arco, ricavato dallo spessore del muro maestro della parete a destra della chiesa. Tale porta fu chiusa alla fine del'500 o agli inizi del'600; i dipinti (affreschi e tele) e gli stucchi della cappella di San Carlo Borromeo, che è al di là del muro dell'affresco, risalgono ai primi decenni del 17° secolo, prima del 1630, anno di morte di Luigi Rodriguez, il messinese, autore della tela e degli affreschi stessi