Il paviemnto si struttura in fasce spezzate di marmo bianco e bardiglio che dividono il pavimento dell'atrio in tre zone corrispondenti alle campate. Nella parte centrale è presente una stella di marmo bardiglio. La navata ha il perimetro delineato da fasce affiancate di marmo bianco e bardiglio: da queste ne dipartono alcune dello stesso materiale formanti nella parte mediana due tondi, in cui è raffigurata la rosa dei venti. Al centro un ovale contenente due stelle intrecciate sempre in marmo bianco e bardiglio. Nel transetto compaiono fasce dello stesso tipo e materiale di quelle viste nella navata che concludono, in corrispondenza della cupola, con un grande fiore bianco. Il fondo del pavimento è in cotto