495 iniziali filigranate in inchiostro rosso e azzurro alternati con filigrana di colore inverso o dal corpo e dalla filigrana bicromi. Le dimensioni variano da piccola, pari a una linea di scrittura a grande, pari a una linea di scrittura e un tetragramma. La decorazione formata dalla filigranaè a base di elementi vegetali molto stilizzati, spirali e perlinatura. Avolte la filigrana è limitata intorno al campo della lettera, altre voltesi allunga a decorare una fascia che corre lungo il bordo della pagina. Questo tipo di iniziali si trovano da c. 1 a c. 233v. Da c. 234 a c. 262 31iniziali filigranate più tarde, molto semplici condotte con inchiostro azzurro, rosso e verde in cui la decorazione è prevalentemente simbolica, ricorrendo il monogramma bernardiniano ed altri simboli francescani