La tavola è rettangolare, ma lo spazio dipinto è centinato. In primo piano san Francesco inginocchiato e rivolto verso il crocifisso attorniato da ali rosse di cherubini. Il santo riceve le stimmate che sono rese evidenti dalle linee rosse che congiungono le ferite del crocifisso alle medesime del santo. Sullo sfondo un paesaggio roccioso che presenta a sinistra una chiesa e all'orizzonte un'insediamento turrito. L'ambientazione nel bosco è data sia dalla vegetazione sia dalla presenza di animali: un fagiano in primo piano e un cervo vicino al ponte in legno in basso a sinistra