Il dipinto rappresenta un santo francescano in preghiera davanti a un'edicola della Madonna appesa a un albero. Il santo indica, con la mano destra, gli strumenti della penitenza ai suoi piedi: due libri, il flagello e un teschio. Grande spazio è dato al paesaggio entro il quale si svolge la scena, pur essendo assai sommario se si eccettua, sullo sfondo, la descrizione assai precisa di un edificio chiesastico, forse identificabile con la basilica di Santa Maria degli Angeli in Assisi