Nel centro della volta, entro grande riquadro sagomato, è rappresentato San Francesco Saverio in gloria. A sinistra e a destra del riquadro, altri due riquadri: in quello di sinistra, reso quasi illeggibile dalle lacune, si scorge il santo in piedi, e lontano una città; nel riquadro di destra il santo n abito da pellegrino con bordone in mano, accoglie sulla spiaggia delle Molucche un granchio che stringe il crocifisso in una chela. Nel sottarco verso la navata, due riquadri ovali entro i quali, a sinistra, figura maschile in piedi, di prospetto, con flagello e bastone (la Disciplina?); a destra, figura femminile in piedi, di prospetto, con bimbo in braccio e cuore fiammeggiante in mano (la Carità)