Edificio in muratura continua con spessa cortina muraria perimetrale e con un sistema interno colonna-arco, anch‘esso in muratura, sul quale poggiano la volta ovale autoportante del vano centrale e quella emisferica dell‘abside, forse anch‘essa autoportante. A tal proposito, considerato che da una visione diretta non è stato possibile constatare la sua reale struttura, ci si è basati su fonti scritte da cui si evince che il catino absidale è costruito con una volta reale in muratura; la soprastante copertura è a falda unica. La volta è formata da centine lignee, disposte parallelamente all‘asse minore dell‘ellisse, e tavolato, chiodato alle centine e sagomato secondo la curva ellittica. Anche se non è stato verificato è probabile che sull‘intradosso del tavolato è inchiodato l‘incannucciato su cui è disposto il successivo strato d‘intonaco per l‘affresco. Al di sopra della volta il sistema di copertura è costituito da tetto a falde (padiglione) realizzato da capriate con struttura mista (catena in ferro, monaco, puntoni e saette in legno), tavolato e coppi. I lavori di consolidamento della volta del vestibolo, hanno permesso altresì di accertare che questa è costruita in muratura (volta reale). Le due Cappelle maggiori (San Carlo e SS. Benedetto e Luigi) hanno coperture autonome a falda unica; quella della cappella di San Carlo, andata distrutta con il crollo del muro soprastante, era composta da travi in legno, tavolato e tegole marsigliesi che sono state sostituite da coppi siciliani; la sottostante volta della cappella è formata da centine lignee, incannucciato e gesso. Inoltre con la cappella priva di copertura è stato possibile osservare la muratura, costituita da pietra concia e diverse riprese con mattoni pieni a cuci e scuci e la presenza di un arco in mattoni, probabilmente di consolidamento, posto in corrispondenza di quello della sottostante cappella. La copertura della Cappella dei SS. Benedetto e Luigi è spiovente a falda unica ricoperta da mattonelle. Il muretto d‘attico attiguo alla vela campanaria, crollato con l‘evento sismico, era stato costruito con la tecnica del cosiddetto "sacco", fodera esterna in conci e pietrame informe di piccola pezzatura legati con malta di calce. Internamente era composto da elementi incoerenti non allettati; il muro poi è stato rifatto con conci di tufo. Inoltre, è stato accertato che la struttura della muratura è composta da blocchi squadrati di calcarenite ben consistenti integrati da pietrame calcareo informe di piccola pezzatura appena sbozzato