La cripta, accessibile da un appartamento su Via Gioberti, è un notevole esempio di cripta rupestre composta da un vano rettangolare spartito in due navate da una coppia di pilastri con arcate a tutto sesto con bema biabsidate. Al suo interno conserva alcuni affreschi databili al sec. XIV raffiguranti S. Margherita tra S. Nicola e S. Stefano e S. Caterina d’Alessandria ed episodi della sua vita