Del sistema di smaltimento delle acque, parte integrante del progetto urbanistico della colonia, sono note due sole condotte: quella sottomessa al basolato del cardine massimo, che raccoglie l'intero deflusso delle canalizzazioni capitoline e forensi, nonché degli isolati adiacenti fino allo sbocco a mare, e quella relativa al decumano davanti al Grande Tempio. Il condotto pricipale è largo 60 cm e profondo metri 1.30 con una pendenza del 4-5%; lungo il suo percorso, oltre 250 m, si aprono numerosi sbocchi di canali secondari. Calcoli basati sulla pendenza della cloaca del cardo in relazione alla sua funzionalità, suggeriscono che l'antico livello del mare deve essere valutato più basso di almeno un metro rispetto all'attuale