Nell'ambito del progetto di ristrutturazione del Palazzo dell'Accademia delle Scienze, ospitante il Museo Egizio, e della messa a punto di un nuovo salone espositivo nel piano seminterrato dell'edificio, è stato possibile eseguire sondaggi archeologici che hanno permesso di rintracciare i resti della cinta urbica della città, nello specifico della parte S-E. La zona interessata corrisponde all'isolato compreso fra via Accademia delle Scienze, via Maria Vittoria, via Eleonora Duse e via Principe Amedeo. La facciata del palazzo prospiciente su via Duse coincide esattamente con un tratto S-E delle mura compreso fra la torre angolare S e la prima torre del lato E. Tratti di mura romane erano già noti sin dagli anni '30 quando vennero demoliti edifici presso via Roma; in quell'occasione fu lasciato visibile il fronte interno del muro tramite un'intercapedine sottostante via Duse. Nel 1932 le indagini di Barocelli resero noti i tratti di cortina presenti nei sotterranei del Palazzo dell'Accademia delle Scienze, al di sotto della Manica Schiaparelli. I saggi effettuati nel 1982 e 1986 sul lato esterno di questo tratto hanno messo in evidenza tre fasi di frequentazione pertinenti rispettivamente all'età romana, alla distruzione dell'elevato coincidente con la costruzione del Palazzo nella seconda metà del '600, e all'impianto nell'800 della Manica Schiaparelli, le cui fondazioni si poggiano proprio sopra la fondazione rasata della cortina muraria romana. Il tratto di muro che rappresenta la fase romana giace ad una profondità di 2,63 m. e si conserva per un'altezza di 1,80 m, corrispondente al letto di fondazione. Ha uno spessore di 2,50 m, ed è realizzato in opera cementizia con una facciavista di ciottoli di fiume spaccati a metà; al di sopra corre un filare di mattoni, in parte asportato da manomissioni successive, disposti alternativamente nel senso della lunghezza e della larghezza. Il tratto di cinta urbica orientale è scarsamente conservato; la torre dell'angolo S-E ha lasciato labili tracce, a suo tempo notate da Carlo Promis nei sotterranei di Palazzo dell’Accademia delle Scienze, consistenti in un nucleo in opera cementizia e parte del rivestimento esterno a formare un basamento quadrato di 11 m. per lato. Il tratto di mura fra questa torre e la prima del lato meridionale non è più visibile, anche se restano i letti di fondazione ed un blocco esagonale. Nel 2000 la Soprintendenza ha eseguito un altro intervento nei sotterranei dell’Accademia delle Scienze, nel vano corrispondente all’incrocio fra Via Duse e Via Principe Amedeo. E’ stato così individuato l’angolo della seconda torre a partire dallo spigolo sudorientale delle cinta; il basamento parallelepipedo della medesima si è conservato quasi del tutto ed è visibile nei sotterranei del parcheggio pubblico di Via Roma. La cortina muraria collegata alla torre è sostituita, in questo vano, dalle strutture di fondazione del palazzo, mentre nelle cantine contigue, poste più a sud, sono ancora visibili tratti di mura sporgenti di circa 1 m rispetto alla parete interna degli scantinati. Questi tratti di mura coprono la distanza di un interturrio e si congiungono con il segmento di cortina visibile presso la Manica Schiaparelli. Ulteriori sondaggi di scavo effettuati nel cortile del Palazzo, al di fuori della cortina muraria, in corrispondenza dello spigolo di S-E, hanno messo in luce la presenza di un fossato di età romana tagliato da strutture pertinenti alle opere di fortificazione cinquecentesche e di età moderna