La Basilica Apostolorum (oggi S. Francesco) fa parte del novero degli edifici sorti nel V sec., durante il periodo neoniano, anche se i rifacimenti iniziati nel X-XI sec. hanno pressoché cancellato la struttura originale. Della primitiva chiesa rimangono alcuni frammenti di mosaici nel pavimento della cripta (sempre di X sec.) sotto l’altare maggiore. Quest’ultimo riutilizza un sarcofago di V sec.